つけるべきだが、国内のASPが発行しているタグにはnofollowをつけていないですよね。
これにGoogleがペナルティをつけるような大事でしょう。
Google自体はアフィリエイトリンクにnofollowをつけるように言っていますが、ASPのタグの改変をASPは公式には認めていないので、実質的につけられないです。
つまり、現状はつけるべきだがつけられないということになるでしょう。
アフィリエイト プログラム Googleガイドライン
https://support.google.com/webmasters/answer/76465?hl=ja
アフィリエイトリンクはnofollowが必須！？
http://web-tan.forum.impressrd.jp/e/2016/10/21/24169/page/1
そもそもnofollow, noindexって何？という方はここから
https://www.suzukikenichi.com/blog/how-to-use-meta-noindex-nofollow-noarchive/
追記：
2017/2/8
アフィリエイトプロバイダ最大手のA8ネットがアフィリエイトリンクタグにnofollow属性をつけることを発表しました。
この度、A8.net提供の広告タグの適切な表現を目的とし、
広告素材のHTMLタグの形式を変更致しました。今後、A8.net管理画面上で新たに取得する広告素材は、下記の新形式となります。
変更内容をご確認いただきますようお願い申し上げます。
▼変更点：aタグに「rel=”nofollow”属性」を追加しています。
引用元:a8
また、既存のタグにrel=”nofollow”属性を追加することはタグの改変にあたらないとされています。
